Após a criação da Sesai (Secretaria de Saúde Indígena) pelo ex-presidente Lula em 2010, todas as ações da saúde indígena que era de responsabilidade da Funasa (Fundação Nacional de Saúde) agora passam a ser tocadas pelo Ministério da Saúde , por meio de três departamentos: Departamento de Gestão de Saúde Indígena, Departamento de Atenção à Saúde Indígena e Distritos Sanitários Especiais Indígenas.
Com esta medida, a Funasa continua com a responsabilidade das ações de promoção e proteção à saúde, além da responsabilidade pelas ações de saneamento em municípios com até 50 mil habitantes, que representa 73 dos 78 municípios de Mato Grosso do Sul, que estão aptos a receberem obras de fornecimento de água tratada e esgotamento sanitário através dos recursos destinados pelos PAC 1 e 2. Outra atribuição da Funasa é promover ações de saneamento em áreas rurais, assentamentos e comunidades quilombolas.
A Sesai ficará com a responsabilidade da operacionalização do saneamento nas aldeias, assim como a preservação de fontes de água limpa, construção de poços ou captação de água potável para as comunidades indígenas, além da destinação final ao lixo e controle de poluição de nascentes.
A Funasa ainda está acompanhando os investimentos do PAC 1 e outros convênios já firmados na área de saneamento em aldeias indígenas. Mas não há previsão de novos investimentos para aldeias no PAC 2.
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